Das Sekretariat in der Kaigasse 28/2 ist die vermittlende Schaltstelle zwischen dem Wirtschaftsreferat, dem Vorsitz der ÖH Uni Salzburg, dem Beratungszentrum und "Helping Hands" und ist damit der Dreh- und Angelpunkt der Verwaltungsorgane der ÖH Uni Salzburg.

Hauptsächlich beschäftigt sich das Sekretariat der ÖH Uni Salzburg mit den Anliegen der Studierenden in Zusammenarbeit mit dem Wirtschaftsreferat und der Finanzbuchhaltung, zum Beispiel bei Refundierungsanträgen von Auslagen der Studierenden.  Auch "Helping Hands" wird bei der Entgegennahme und dem Versand von Bescheiden des Sozialreferates unterstützt. Das Sekretariat behält administrative Fragen im Überblick, studienbezogene Fragen werden vom Beratungszentrum am Unipark bearbeitet.